Agent Skill 核验档案

Bio Database Evidence

bio-database-evidence 是一个统一的生物学数据库证据查询 Skill，负责跨多个生物数据源进行基因注释、变异临床意义、癌症突变证据、GWAS 性状关联、通路映射、靶点-疾病证据、蛋白质结构、蛋白质互作网络、参考单细胞数据查询以及跨数据库生物 ID 映射等证据收集工作。

适用任务

查询基因注释、RefSeq/Ensembl 标识符、直系同源、VEP、GO 和基因组坐标
获取变异临床意义、VUS 解读支持、ClinVar 审查状态和 COSMIC 癌症突变证据
查询 GWAS Catalog 性状关联、rs ID、p 值和汇总统计证据
进行 KEGG、Reactome 通路映射与通路富集证据查询
获取 Open Targets 靶点-疾病关联、可成药性、安全性和已知药物证据
从 AlphaFold DB 或 RCSB PDB 获取蛋白质结构证据，包括 UniProt ID、mmCIF/PDB 下载、pLDDT、PAE 和结构元数据
查询 STRING 蛋白质互作网络、hub 蛋白和富集证据
从 CELLxGENE Census 查询参考单细胞元数据或表达数据

输入

基因、转录本、变异、通路、靶点、蛋白质结构、蛋白质互作、性状关联或参考细胞群等生物实体
UniProt ID、rs ID、RefSeq/Ensembl ID 等生物标识符

输出

包含来源名称、查询词、访问日期、标识符和 API 限制说明的证据结果
多来源对比时的证据表格
来源受认证、许可、速率限制或非公开访问限制时的说明

限制与检查

不用于完整单细胞 RNA-seq 分析（聚类、UMAP、标记基因、细胞注释、AnnData/h5ad 编辑、scVI/scANVI 批次校正规划），这些应使用 scanpy
不用于 bulk RNA-seq 差异表达（应使用 pydeseq2）
不用于 BAM、SAM、CRAM、VCF、pileup、覆盖度或区域提取等以文件处理为主的任务
不用于 deepTools 信号轨迹处理和热图
不用于蛋白质语言模型、嵌入、逆折叠或蛋白质设计工作流
不用于约束代谢建模、FBA 或代谢工程仿真
不用于 BED/基因组区间嵌入、基因组区域机器学习或基因调控网络推断
不用于 FCS 或流式细胞术文件解析

项目详情

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